1960-luvulla alkoi kuitenkin tapahtua odottamattomia. Hän julkaisi sarjan kirjoituksia, joiden perusteella häntä alettiin kutsua raamatuntutkimuksen Liberaceksi, ja jotka vähitellen tekivät hänen akateemisesta urastaan täydellisen lopun.
Ensimmäiseksi hän ilmoitti päätyneensä siihen johtopäätökseen, että kristinusko on ”fallinen ja huumeinen mysteerikultti, jonka kanssa kukaan meistä ei haluaisi olla tekemisissä. Raamatun henkilöt näkivät visioita. He olivat huumetripillä.” Seuraavaksi hän alkoi viitata Raamattuun ”tarinointina, jota harrastivat tämä rabbi nimeltä Jeesus, hänen äitinsä ja isänsä”.
Väliotsikko h4
Tilanne huononi entisestään, kun Allegro sai pakkomielteekseen sienet. 1970 julkaistussa teoksessa ”Pyhä sieni ja risti” Allegro valaisee meille, että Raamatun tärkeimmät henkilöt Jeesusta ja Moosesta myöten olivat käveleviä sieniä, ja Kristuksen viimeiset sanat ristillä olivat ylistys sienijumalalle. Erään kriitikon mukaan teos häpäisi sienien maineen.
Nopeassa tahdissa ilmestyneet jatko-osat ”Tien pää” ja ”Valittu kansa” todistelivat että Mooses ja hänen seuraajansa olivat kaikki pilvessä huumaavista sienistä, ja viimein ”Kadonneet jumalat” uskotteli, että Vanhan testamentin jumala oli jättiläismäinen taivaallinen penis, joka myrskyävässä kliimaksissa ejakuloi siemenen Äiti Maan povelle. Tämä teos sai Sunday Telegraphin arvioimaan, että siinä on ”kaikki se tuoreus ja yhtäpitävyys mitä voi odottaa, jos keskustelee hyvin väsyneen miehen kanssa baarissa juuri ennen sulkemisaikaa”.
Kun Allegrolta aiheellisesti kysyttiin, oliko hän kenties itse käyttänyt sieniä, hän kiisti sen tarmokkaasti. ”Minä en olisi niin hemmetin typerä”, hän vakutti.
